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Thèse de doctorat

Université Paris V - René Descartes

vendredi 31 août 2012, par Stéphane Téletchéa

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« Etude par modélisation de dynamique moléculaire et spectroscopie RMN des déformations induites par la coordination du cisplatine sur l’ADN »

Résumé :

Le cisplatine (ou cis-diammine, dichloro-platine) est l’un des composés chimiques les plus utilisés actuellement en chimiothérapie anticancéreuse. Depuis la description de ses propriétés anticancéreuses par B. Rosenberg en 1965 de nombreux travaux ont été effectués afin de décrire le mécanisme d’action lui conférant ses propriétés antitumorales.

A travers une approche originale couplant modélisation et travail expérimental, les recherches réalisées durant ma thèse ont permis d’élucider le comportement dynamique d’un adduit platiné sur la séquence 5’ -GCCG*G*GTCGC- 3’ / 5’ -GCGACCCGGC- 3’ (G* représente une guanine platinée). Cette structure a été comparée à celle de l’adduit ADN-cisplatine déterminée précédemment au laboratoire sur la séquence G*G*A. Nous avons ainsi étudié l’influence d’une guanine adjacente en 3’ au pontage GG-Pt sur la structure de l’adduit. Il s’agit de la première étude structurale sur un adduit du cisplatine avec la séquence GGG. Même si l’affinité de la séquence GGG et des sites contenant Gn (n≥3) pour le platine (II) est connue depuis longtemps, ses adduits avec le cisplatine n’ont pas encore été étudiés par RMN à cause des problèmes posés par leur purification.

Cette étude de l’adduit G*G*G par RMN a été confrontée à la description dynamique de cet adduit, calculée par simulation. La paramétrisation du champ de force parm 98 a été spécifiquement affinée pour mieux décrire l’environnement de l’atome du platine. La confrontation entre la simulation de l’adduit G*G*G-Pt et les données issues de l’étude par RMN a permis de valider notre paramétrisation.

Pour déterminer les proportions précises des sous-états BI et BII de l’ADN, une méthode novatrice a été mise au point. Celle-ci est basée sur la combinaison de quatre distances inter-protons H2’’(n)-H8(n), H1’(n)-H6/8(n+1), H2’(n)-H6/8(n+1) et H2’’(n)-H6/8(n+1) qui permet de discriminer les deux sous-conformations.

Ces améliorations du champ de force et de la méthode de détermination des sous-conformations BI/BII ont permis la description fine du comportement de l’adduit couplé à l’ADN, ce qui nous a servi pour étudier le mécanisme anti-tumoral du cisplatine. En effet la reconnaissance de l’ensemble cisplatine-ADN par une protéine (Lymhoïd Enhanced Factor I - LEF I) pourrait activer les voies métaboliques de la cellule cancéreuse conduisant vers l’apoptose ou vers la réparation de la tumeur. La simulation de l’ensemble ADN-protéine (sans cisplatine) a permis de présenter le mode de reconnaissance de la protéine sur la déformation ainsi que la mise en évidence de l’implication d’une molécule d’eau dans celui-ci.

Les études sur le cisplatine fixé sur son ADN cible nous ayant apporté de nombreuses connaissances sur les déformations engendrées, nous avons validé la déformation structurale formée par un autre complexe de platine, le pyrazolato-bis-platine. Ce composé a été conçu de novo pour induire une déformation faible de son ADN cible afin de provoquer une réponse cellulaire différente de celle engendrée par le cisplatine. La simulation a indiqué que ce complexe induit une faible courbure de l’ADN et une déformation globale différente de celle du cisplatine, ce qui exclut le même mode de reconnaissance. Comme expérimentalement le complexe pyrazolato possède une activité anti-tumorale, les simulations effectuées suggèrent donc que le mode d’action au niveau cellulaire est différent du cisplatine.

Les travaux réalisés lors de ma thèse ont permis d’améliorer la compréhension des déformations ADN-cisplatine, ADN-cisplatine-protéine et de perfectionner la description des composés platinés dans le champ de force parm 98 (puis parm 99) du logiciel de modélisation moléculaire AMBER.

Thèse de doctorat
Mémoire de thèse pour l’obtention du doctorat de l’université Paris V, mention Très Honorable avec Félicitations du Jury

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