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DEA Analyse de Génomes et Modélisation Moléculaire

Actuellement Master AMBI

vendredi 31 août 2012, par Stéphane Téletchéa

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  • DEA : « Etude des interactions ADN-protéine »

Résumé :

Former et optimiser la structure d’un complexe protéine-ADN est un exercice inaccessible dans le cadre d’une simulation par dynamique moléculaire. Pourtant, de nombreuses informations pourraient être exploitées s’il était possible de calculer et d’analyser la partie énergétique d’une telle interaction. Grâce à l’emploi de coordonnées internes et d’une représentation implicite du solvant, JUMNA permet d’approcher un élément de ce problème, à savoir l’énergétique de la déformation de l’ADN au sein de ces complexes. Durant ce stage, nous nous sommes attachés à atteindre ce but, par la conception d’un moule moléculaire sur lequel l’ADN est contraint à se déformer. Nous avons ainsi pu reproduire fidèlement la déformation induite par différentes protéines au sein des structures cristallographiques. Cette méthodologie nous a permis d’obtenir de nombreux résultats sur l’énergie de déformation de l’ADN et elle peut par la suite faire partie d’une approche globale pour obtenir l’énergie libre de complexation (collaboration en cours avec le groupe de David Beveridge).

Rapport de DEA
Rapport présenté pour l’obtention du DEA AGM2

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