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CUDA-aware GROMACS 5.1.1 installation on Ubuntu 14.04.4 (Trusty)

How to deploy straightfully the cuda-aware GROMACS installation

Wednesday 16 December 2015, by Stéphane Téletchéa

CUDA-aware GROMACS mode is very efficient in providing nanoseconds/day performance even on small workstations. I had to reinstall GROMACS recently and struggled in getting GROMACS aware of the CUDA capability of my graphic card. Since it works now, I’m trying to tell you the long story (short).

It seems that with very recent revisions of gromacs it is not possible anymore to use the bundled NVIDIA packages from the official Ubuntu repositories. Each combination of drivers and packages I checked proved to be problematic, since even if everything seemed to be installed properly, GROMACS failed to detect the hardware dynamically. The error message was:

NOTE: Error occurred during GPU detection:
     no CUDA-capable device is detected
     Can not use GPU acceleration, will fall back to CPU kernels

Disclaimer (updated on April, 22th, 2016) : up-to-now I have not been able to trace down where the problem lies, either in latest Ubuntu binary builds or in the detection code from GROMACS, I’ll update this post as I make progress on the topic. The explanations to get a properly working installation stand true.

Executive summary

In order to get a working GROMACS installation detecting properly the CUDA-aware graphic car you have to :
1 - download the cuda toolkit
2 - (optionnaly) download the GPU deployment kit (includes the NVML library)
3 - Switch to console mode to remove any existing packages and modules:

(quit any existing session)
Press simultaneously Ctrl+Alt+F1
Log in
sudo service lightdm stop
sudo rmmod nvidia
sudo apt-get --purge remove cuda* nvidia*

4 - Install the CUDA toolkit and the GPU deployment kit

sh --toolkitpath=/opt/apps/pkg/cuda/7.5.18
-> Accept default locations
-> Accept the DRIVER installation
sh --installdir=/opt/apps/pkg/nvidia_gdk/352.55 --silent

5 - Reconnect to your graphical session

sudo service lightdm start
Press Ctrl+Alt+F1 simultaneously

6 - Connect to your session and install GROMACS using the path provided above:

tar -zxf gromacs-5.1.1.tgz
cd gromacs-5.1.1
mkdir build-cuda
cd build-cuda

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/apps/pkg/gromacs/5.1.1  \
             -DCMAKE_PREFIX_PATH=/opt/apps/pkg/fftw/3.3.4/ \
             -DGMX_GPU=on   \
             -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=on \
             -DGMX_BINARY_SUFFIX=_cuda \
             -DGMX_LIBS_SUFFIX=_cuda \
             -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/opt/apps/pkg/cuda/7.5.18 \
             -DNVML_INCLUDE_DIR=/opt/apps/pkg/nvidia_gdk/352.55/usr/include/nvidia/gdk/ \

make install

Note: this command is to build the "mdrun_cuda" executable only, this is why the "_cuda" suffix is used.

Note2: the NVML includes are not mandatory, this is an addition to better control NVIDIA hardware.

Detailed explanation

In the past i had to only install from the official Ubuntu repositories the NVIDIA driver and nvidia-cuda-toolkit and to compile gromacs as usual: everything was auto-detected correctly and I could run gromacs without further tweak.

It seems that the autodetection is now problematic, the latest cuda release needs the 352.39 driver while the latest NVIDIA driver in the repositories is 352.63. This slight difference in the "minor" version of the NVIDIA driver was not problematic in the past, and is not problematic for NVIDIA tools, since the commande nvidia-smi -a returns the expected output:

==============NVSMI LOG==============

Timestamp                           : Wed Dec 16 16:48:51 2015
Driver Version                      : 352.39

Attached GPUs                       : 1
GPU 0000:02:00.0
   Product Name                    : Quadro K4000
   Product Brand                   : Quadro
   Display Mode                    : Enabled
   Display Active                  : Enabled
   Persistence Mode                : Disabled
   Accounting Mode                 : Disabled
   Accounting Mode Buffer Size     : 1920
   Driver Model
       Current                     : N/A
       Pending                     : N/A
   Serial Number                   : 0323314055322
   GPU UUID                        : GPU-7b65de6b-4b92-6b56-d51b-031ed109c43e
   Minor Number                    : 0
   VBIOS Version                   :
   MultiGPU Board                  : No
   Board ID                        : 0x200
   Inforom Version
       Image Version               : 2030.0500.00.01
       OEM Object                  : 1.1
       ECC Object                  : N/A
       Power Management Object     : N/A
   GPU Operation Mode
       Current                     : N/A
       Pending                     : N/A
       Bus                         : 0x02
       Device                      : 0x00
       Domain                      : 0x0000
       Device Id                   : 0x11FA10DE
       Bus Id                      : 0000:02:00.0
       Sub System Id               : 0x097C10DE
       GPU Link Info
           PCIe Generation
               Max                 : 2
               Current             : 2
           Link Width
               Max                 : 16x
               Current             : 16x
       Bridge Chip
           Type                    : N/A
           Firmware                : N/A
       Replays since reset         : 0
       Tx Throughput               : N/A
       Rx Throughput               : N/A
   Fan Speed                       : 41 %
   Performance State               : P0
   Clocks Throttle Reasons
       Idle                        : Not Active
       Applications Clocks Setting : Not Active
       SW Power Cap                : Not Active
       HW Slowdown                 : Not Active
       Unknown                     : Not Active
   FB Memory Usage
       Total                       : 3071 MiB
       Used                        : 379 MiB
       Free                        : 2692 MiB
   BAR1 Memory Usage
       Total                       : 256 MiB
       Used                        : 4 MiB
       Free                        : 252 MiB
   Compute Mode                    : Default
       Gpu                         : 89 %
       Memory                      : 4 %
       Encoder                     : 0 %
       Decoder                     : 0 %
   Ecc Mode
       Current                     : N/A
       Pending                     : N/A
   ECC Errors
           Single Bit            
               Device Memory       : N/A
               Register File       : N/A
               L1 Cache            : N/A
               L2 Cache            : N/A
               Texture Memory      : N/A
               Total               : N/A
           Double Bit            
               Device Memory       : N/A
               Register File       : N/A
               L1 Cache            : N/A
               L2 Cache            : N/A
               Texture Memory      : N/A
               Total               : N/A
           Single Bit            
               Device Memory       : N/A
               Register File       : N/A
               L1 Cache            : N/A
               L2 Cache            : N/A
               Texture Memory      : N/A
               Total               : N/A
           Double Bit            
               Device Memory       : N/A
               Register File       : N/A
               L1 Cache            : N/A
               L2 Cache            : N/A
               Texture Memory      : N/A
               Total               : N/A
   Retired Pages
       Single Bit ECC              : N/A
       Double Bit ECC              : N/A
       Pending                     : N/A
       GPU Current Temp            : 79 C
       GPU Shutdown Temp           : 101 C
       GPU Slowdown Temp           : 96 C
   Power Readings
       Power Management            : Supported
       Power Draw                  : 59.60 W
       Power Limit                 : 87.00 W
       Default Power Limit         : 87.00 W
       Enforced Power Limit        : 87.00 W
       Min Power Limit             : 47.00 W
       Max Power Limit             : 87.00 W
       Graphics                    : 810 MHz
       SM                          : 810 MHz
       Memory                      : 2808 MHz
   Applications Clocks
       Graphics                    : N/A
       Memory                      : N/A
   Default Applications Clocks
       Graphics                    : N/A
       Memory                      : N/A
   Max Clocks
       Graphics                    : 810 MHz
       SM                          : 810 MHz
       Memory                      : 2808 MHz
   Clock Policy
       Auto Boost                  : N/A
       Auto Boost Default          : N/A
       Process ID                  : 3255
           Type                    : C
           Name                    : mdrun_cuda
           Used GPU Memory         : 37 MiB
       Process ID                  : 15576
           Type                    : G
           Name                    : /usr/bin/X
           Used GPU Memory         : 231 MiB
       Process ID                  : 15998
           Type                    : G
           Name                    : compiz
           Used GPU Memory         : 96 MiB

To sum up

To tell a long story short:

avoid ubuntu packages and install upstream drivers and dependencies.


- Updated April, 22th.

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